基础医学院是我校基础医学教育和研究的主要基地，拥有基础医学硕士学术学位点。基础医学学科为江西省高校“十二五”重点一级学科。
近年来，学位点所在基础医学院的科研条件得到较大改善，科研水平快速提升。2019年获得国家自然科学基金10项，江西省自然科学奖2项（排名第一）。学院刘志平教授（共同第一作者）和美国圣犹大儿童医院合作研究成果《Critical Role for the DNA Sensor AIM2 in Stem Cell Proliferation and Cancer》，在国际顶级学术期刊《Cell》发表，这是赣南医学院参与的科研成果首次登上此级别学术期刊。学院已形成了免疫学、分子病理学、神经生物学、病原生物学和生物技术等科研团队，拥有一批较高学术水平的硕士/博士生导师，在整体实力已步入省内基础医学的前列，近几年学院培养了和正在培养共70余名硕士研究生，就业情况良好。
基础医学院研究生教育网址：http://jcyxy.gmu.cn/zsjy.htm
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